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天下迴迴住得偏，灘邊河邊馬路邊，還有城堡外圈圈。
——迴族諺語
花剌子模帝國馬雷人阿巴斯的後代絕大多數在東鄉的龍家梁務農。其中一個叫馬文祿的走出了東鄉，來到太子山區生活。
太子山動植物資源十分豐富，不僅盛產很多名貴的中藥材，而且還有雪豹、林麝、蘇門羚和胡兀鷲、蒼鷹、藍馬雞等禽獸。
馬文祿靠山吃山，以打獵為生。他為人善良，喜歡接濟周圍的窮人，受到人們的愛戴，成為太子山區獵戶們的領袖。
由於陝西和甘肅東部發生了迴迴起義，官府對刀槍等武器實行管製，嚴重影響到獵戶們的生活。
馬文祿於是帶領獵戶們來到西寧一帶打獵為生。
不久，西寧府又爆發了起義。
馬文祿為了生活隻好離開西寧，穿過祁連山的交通關口扁都口，進入了寬闊的河西走廊，來到肅州西南160餘裏的青頭山，在山上搭起帳篷，繼續以捕獵為生。
馬文祿把獵到的山貨拿到肅州的市場上交易，因此經常來到肅州城，與城裏的迴迴人多有來往。
肅州位於河西走廊的中西部，祁連山的北麓，自古以來是絲綢之路上的曆史文化名城和中原通往西域的交通樞紐。
秦漢以前，羌人和戎人是這裏的土著居民。羌人主要指月支，戎即烏孫的轉音。烏孫最早住在甘州（即今天的張掖）以西靠祁連山一帶。月氏住在甘州以東的地區。後來，月氏趕走了烏孫，獨占了整個河西。
漢代，月氏在匈奴的逼迫下也退出了河西，遷徙到伊犁河上遊，征服了那裏的塞種人，並且留居下來。史稱大月氏。史稱留在敦煌、祁連的月支為小月氏。此後的50多年時間，肅州一帶是匈奴人的遊牧之地，稱為匈奴右地。公元前121年，霍去病進軍河西，把匈奴的殘部趕到玉門關以外。西漢把中原的幾十萬漢人移民到河西定居。公元前106年，肅州以城下有泉、其水若酒得名酒泉，設立了酒泉郡。
602年，隋文帝撤酒泉郡，僅存州、縣兩級，改酒泉鎮為肅州。624年，唐高祖設置酒泉縣。763年至852年，吐蕃人占據酒泉。唐末至五代時期，酒泉又落入迴鶻人的手中。大宋時期，酒泉歸屬西夏。西夏敗亡以後，蒙古擁有酒泉並改設肅州路。大明設置肅州衛。大清時期，改置為肅州直隸州。
1856年，甘州提督迴迴人索文帶人押解官府的5萬兩餉銀前往迪化（今天的烏魯木齊），走到嘉峪關外的惠迴堡被南山的吐蕃人打劫了。
於是，官府在惠迴堡修建關卡，建立了一座哨所，保障河西通往迴疆的交通安全。官府貼出公告，向周邊的老百姓征召哨兵，由肅州鎮台府發放薪餉。
馬文祿進城的時候看到了公告。他心裏想道，如今山裏的野獸越來越稀少了，獵戶的日子也越來越難過了。不如帶領獵戶們下山當哨兵，每個月還有固定的收入。
他帶領200多個的獵戶走下青頭山，參加了官府的守衛隊，來到惠迴堡駐守哨所。馬文祿被索文任命為一名小軍官。
獵戶們從前自由散漫慣了，不願意接受軍隊紀律的約束，逐漸和官府產生了矛盾，經常發生一些小的衝突，但是，鬧事都被官府鎮壓下去了。
隨著陝甘迴迴起義的蔓延，迴疆也爆發了人民反清的起義。肅州的迴迴人受到了很大的鼓舞。
1865年3月，涼州（今天的威武）的迴迴老百姓不堪忍受鎮守官米殿策的殘酷壓榨，奮起殺死了他和他的親屬。但是，起義隨即被清軍鎮壓了。
涼州迴迴人起義失敗的消息傳開，河西走廊各州縣的迴迴老百姓大為震驚。甘州永固堡洪水營的迴迴人首先起來造反。肅州府的高台、安西、敦煌、玉門等縣的迴迴人也暗自武裝，待機舉兵。
河西地區頓時陷入一片緊張的氣氛中。
這時候，肅州的大部分鎮標官兵都在迴疆平定起義。城裏的守防非常空虛。老百姓準備造反的情緒越來越高。城裏的氣氛日趨緊張。
肅州鎮台成桂認為不能坐待以斃，主張先發製人，以武力恐嚇的手段壓製躍躍欲試的老百姓。知州陳墉則不同意成桂的意見，而是希望采取和議，緩和尖銳的矛盾。
3月，馬文祿帶著惠迴堡哨所的200多個獵戶來到肅州鎮台府，索要前任鎮總兵德祥扣發的工資。
鎮台府推三阻四，沒有妥善地解決好矛盾，引起了獵戶們的強烈不滿。
馬文祿帶領獵戶們向西攻打嘉峪關，殺死了關上巡檢張開禧等人，占領了交通重鎮嘉峪關。
第二天，他們聯係上青頭山上的各路獵戶，分頭向肅州集結，準備發動起義。
成桂獲悉消息以後感覺問題嚴重了，立刻增加了守城的兵力，緊閉城門，在東城的門樓上架設了一門將軍炮。炮口直指迴迴人聚居的東關。
東關的老百姓一再請求州府給予保護。
當天中午，陳墉私自乘坐轎子來到東關視察，趁機打探起義傳言的虛實，被老百姓們熱情地挽留，以好吃好喝的款待。
等到天色變黑以後，東關的起義軍將東、南、北三個哨所門上的鐵鎖砸壞，給潛伏在城外的馬文祿等打開了哨門。
馬文祿悄悄地坐上陳墉的轎子，假裝是陳墉，由起義士兵抬著迴城。
鄰近城門的時候，抬轎的起義軍遠遠地大聲喝道：“快開門！陳大人要迴府了。”
城樓上的士兵不敢怠慢，急忙跑下城樓開門。
厚實沉重的城門剛剛打開，潛藏在東關兩側廊廡下的起義軍一擁而入，叫殺聲像震天的驚雷。四麵的暗哨也放火接應。肅州鎮標軍中的迴迴士兵也忽然倒戈。
道台桓齡聽說東關出事了，急忙率領數十人前去處理。
起義軍卻像潮水一般向城裏湧了過來。
恆齡被迎麵而來的子彈當場打死。他的隨從人員也全部戰死。大部分衣衫不整的清軍在混亂中被起義軍擊潰。
官府的團練又衝了過來與起義軍搏鬥，但是，寡不敵眾，大部分都戰死了。
成桂站在掛著“聲震華夷”巨大木匾的鍾樓上目睹了慘烈的戰鬥，心中驚慌失措。他知道已經無力迴天，隻好放棄了肅州，倉皇地向東逃往甘州。
天亮以後，起義軍占領了肅州全城。
鄉下的地主武裝為了防止起義軍出城襲擾，團結起來組織聯防，多次聯合攻打肅州城，但是都被起義軍擊潰了。
起義軍經常出城攻擊附近的清軍和地方團練，甚至到達了金塔縣城。
甘肅提督楊占鼇和迪化提督成祿經過商議，決定還是招撫肅州的起義軍。
馬文祿借機邀請楊占鼇到肅州城下談判。
楊占鼇剛來到城下就被一擁而上的起義軍挾持到了肅州城。
馬文祿以楊占鼇為人質，威脅成祿率領清軍後退到高台，並要求歸附朝廷。
成祿不得已答應了。
省署督軍穆圖接到成祿的請示，批準了起義軍的歸附，委任馬文祿為掌管肅州的軍事主帥，並且給他改名為馬忠良。
成祿撤退到高台，每天觀戲享樂，勒索高台的民眾，不願出關迴到迴疆，無辜殺害老百姓，還謊稱大獲全勝。
馬文祿接受安撫後暗自充實兵力，擴建軍事陣地，打算繼續與清軍對抗。他多次帶兵進取玉門、安西、敦煌三縣，西出嘉峪關，出擊額濟納，搶劫蒙古土爾扈特財物。
他們最遠深入到科布多城（位於今天蒙古國的西部）。馬文祿在科布多遇到了巴德爾的後代吉日木圖的有力反擊，最後悻悻地退兵。
左宗棠平定了關中和隴東的起義，指揮大軍向西逼進，先派總兵徐占彪率領12營大軍從固原向肅州進發。
徐占彪攻克肅州城西南的塔爾灣堡，連下起義軍12座營壘，進軍到肅州城下。
起義軍死傷慘重。
清軍連日攻城。
馬文祿在戰鬥中受傷，派人出城求和。
徐占彪認為是起義軍的緩兵之計，未允準。
六月初六，6000多起義軍身穿白衣，頭紮白巾，鼓嗓喊叫直撲城外。
清軍憑借洋槍洋炮，擊退了起義軍，奪取了一些營壘。
馬文祿隻好派人向迴疆和西寧府的起義軍求援。
迪化紅廟子起義軍首領妥得璘派千餘人入城助守。西寧方麵也派來陝西起義軍畢大才進援肅州。
馬文祿被妥得璘封為元帥。他先後招納甘州、沙州和西退的起義軍編為六個營。沙州兩營堅守城北。甘州營駐守城東。肅州營駐守東關。西寧營駐守城南。循化撒拉爾營駐城內。
1873年2月，乘勝追擊的左宗棠大量向肅州增兵，使包圍肅州城的清軍達到了60多個營，對肅州的包圍圈已經形成。左宗棠又蘭州拉運來一批新式大炮支援肅州。
在清軍的追殺下，穆和邁跟隨從白彥虎等陝西關中和甘肅金積堡、河州、西寧等地敗退下來的起義軍不斷西撤，從甘州攻破撫夷城(今天甘肅臨澤縣蓼泉鎮)和高台的各屯堡，匯集到了肅州一帶。
白彥虎率軍多次進攻肅州城外官軍，都被清軍截擊，難以入城與馬文祿會合。
白彥虎多次進攻無效，率領殘部向西退出嘉峪關，向迴疆逃亡。
清軍集中兵力在肅州城外挖掘壕溝，修築土牆，架設木柵欄，將肅州城包圍得嚴嚴實實。裏麵的人出不來。外麵的糧食也進不去。
圍困長達8個多月的肅州城裏糧食終於斷絕了。
起義軍隻好宰殺騎兵的軍馬充饑。軍馬吃完了，再吃樹皮和麥糠。他們揪光了肅州城裏大小樹木的葉子，撕完了樹上的嫩皮。即使這樣，起義軍堅決不投降。
左宗棠用地雷炸開東北城角的缺口，在西南及東南城角暗掘地道，用棺材裝滿炸藥埋在城下，又在城南用大炮猛烈轟擊，炸得起義軍血肉橫飛。
起義軍人心大亂。每天從肅州城中潛逃出來投降的迴漢老百姓多達數百人。
左宗棠派遣投降的迴迴首領向城裏的起義軍官兵喊話，勸說他們出來投降，官府優待俘虜，給他們發放糧食和迴家的路費。
馬文祿看到形勢日益惡化，起義的前途黯淡渺茫，思想開始出現了動搖。
11月4日，馬文祿為了保存起義軍將士的性命，毅然決定投降，派人送書信到清軍大營。
左宗棠允準，要求馬文祿先交出武器、馬匹和迴迴人的花名冊。
馬文祿立即整理17000餘件武器和人員花名冊，率領起義將領出城，前往左宗棠的大營投降。
左宗棠下令將馬文祿等9名將領全部捉拿，關入監獄。
他又命令按照花名冊清點起義軍人數。甘州籍1營800餘人出東城門，由宋慶點驗分管理。沙州籍2營700餘人由北營金順點驗分管。西寧獵戶1營500餘人由徐占彪接管。循化撒拉營由劉錦棠監管。
各軍接受的起義軍按男女分別安置在附近空莊廢堡裏暫住，聽候發落。肅州本地的6300多名起義軍士兵留在東關。
肅州城裏原有居民5萬多人，經過9年的戰亂隻剩下了數千人。
陰曆九月二十三日的午後，左宗棠下令將馬文祿等9個部將斬首，其餘的起義軍士兵大多予以遣散。
陝甘起義軍僅存的最後一個基地經過馬文祿長達9年的堅守最終淪陷了。陝甘迴迴人反清的大起義就此拉上了劇終的大幕。
這場戰爭給陝甘兩省的人民造成了巨大的災難和傷害。
戰前，陝西的人口為1394萬，甘肅的人口為1945萬人。在戰亂、災荒和瘟疫的蹂躪下，陝西損失的迴漢人口達622萬人，甘肅(包括今寧夏、青海西寧市和海東市)損失的迴漢人口接近1400萬。清軍在金積堡殺害5萬多人起義將士，在西寧殺害了近1萬人，在肅州殺害了2萬多人……
朝廷對陝甘反清起義軍采取了曆代封建王朝的的舊模式“斬草除根”。1867年10月份，刑部主事王柏心還在激戰猶酣的時候寫信向左宗棠出謀劃策：“我認為要除掉迴迴人中勇敢和狡黠的人。剩下的既然不能全殺光，等到他們畏懼投降以後，派軍隊將他們遷移到西寧、甘南或者延安、榆林的邊外，單獨設立迴迴村，不能與漢人雜居。”
他建議道：“挑選他們中忠誠老實的人組成維持隊自己管理自己，以後不要再出來生事了。這樣就可以保證長治久安了。”
正如王柏心所言，朝廷對參加起義的群眾強製進行發配性的遷徙。朝廷把1萬多陝西起義軍的親屬強行安置在平涼與華亭交界的化平川、聖女川等地，稍後又把3000多甘肅起義軍的家屬押解到附近的荒涼之地。朝廷還分兩次將3萬多關中迴迴人遷移到甘肅的平涼、清水、秦安、安定等偏遠地區，把肅州城裏支持起義軍的迴迴老百姓全部趕出了城市。
被強製遷離家園的老百姓的家資和田產或者充公分配給他人，或者放上一把火燒毀。當老百姓提出返迴原籍的正當要求時，朝廷嚴厲地表態：“概不準逆賊再行入境。”
安置在戰亂中流離失所的老百姓，同樣是到處安插，卻采取了不同的標準：漢人可以在靠近城市和道路等生活方便的地方安家。迴人必須要打散安置，以便達到拆散族群、孤單勢力、沒收權力的久遠之圖。
起義軍的親屬被強行安置在自然條件較差荒僻和偏遠的地區，多半在“貧苦甲天下”的甘肅中部幹旱地區，甚至是幹旱地區中條件最惡劣的山川。這裏氣候幹燥，土地貧瘠，水源匱乏。一貧如洗的迴迴老百姓來到這裏，隻能在山坡上挖個窯洞棲身，苦寒無比。
馬占鼇不僅協助清軍撲滅了西寧和肅州兩地的起義，而且忠實地履行朝廷代理人的職責，一家獨大。馬占鼇和他的後代是除朝廷之外鎮壓起義軍最大的受益者。他和馬海晏、馬千齡等人一同收編為清軍的河州鎮馬隊，擔任了指揮長官，歸屬董福祥的甘軍。去世以後，他的職務由兒子馬安良接任。
馬海晏在平定西北各地的起義中也是屢建戰功，升為副旗。他的兩個兒子馬奇、馬林和孫子馬芳後來先後統治西北，權傾一方。
民國期間的寧夏馬家軍和青海馬家軍的興起，都與馬占鼇和馬海晏有著直接的關係。確切地說，馬占鼇和馬海晏為馬家打開了通向權力的大門。
與此同時，俄國依靠先進的火器和製度上的優越性，控製了哈薩克草原，征服了烏茲別克人建立的浩罕、布哈拉和希瓦3個獨立汗國，最後渡過阿姆河，控製了土庫曼人的家園，與英國私分了塔吉克人和吉爾吉斯人的帕米爾高原，完成了對花剌子模故地390萬平方公裏的征服。
俄國和大清兩大帝國瓜分了中亞和迴疆地區。
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天下迴迴住得偏，灘邊河邊馬路邊，還有城堡外圈圈。
——迴族諺語
花剌子模帝國馬雷人阿巴斯的後代絕大多數在東鄉的龍家梁務農。其中一個叫馬文祿的走出了東鄉，來到太子山區生活。
太子山動植物資源十分豐富，不僅盛產很多名貴的中藥材，而且還有雪豹、林麝、蘇門羚和胡兀鷲、蒼鷹、藍馬雞等禽獸。
馬文祿靠山吃山，以打獵為生。他為人善良，喜歡接濟周圍的窮人，受到人們的愛戴，成為太子山區獵戶們的領袖。
由於陝西和甘肅東部發生了迴迴起義，官府對刀槍等武器實行管製，嚴重影響到獵戶們的生活。
馬文祿於是帶領獵戶們來到西寧一帶打獵為生。
不久，西寧府又爆發了起義。
馬文祿為了生活隻好離開西寧，穿過祁連山的交通關口扁都口，進入了寬闊的河西走廊，來到肅州西南160餘裏的青頭山，在山上搭起帳篷，繼續以捕獵為生。
馬文祿把獵到的山貨拿到肅州的市場上交易，因此經常來到肅州城，與城裏的迴迴人多有來往。
肅州位於河西走廊的中西部，祁連山的北麓，自古以來是絲綢之路上的曆史文化名城和中原通往西域的交通樞紐。
秦漢以前，羌人和戎人是這裏的土著居民。羌人主要指月支，戎即烏孫的轉音。烏孫最早住在甘州（即今天的張掖）以西靠祁連山一帶。月氏住在甘州以東的地區。後來，月氏趕走了烏孫，獨占了整個河西。
漢代，月氏在匈奴的逼迫下也退出了河西，遷徙到伊犁河上遊，征服了那裏的塞種人，並且留居下來。史稱大月氏。史稱留在敦煌、祁連的月支為小月氏。此後的50多年時間，肅州一帶是匈奴人的遊牧之地，稱為匈奴右地。公元前121年，霍去病進軍河西，把匈奴的殘部趕到玉門關以外。西漢把中原的幾十萬漢人移民到河西定居。公元前106年，肅州以城下有泉、其水若酒得名酒泉，設立了酒泉郡。
602年，隋文帝撤酒泉郡，僅存州、縣兩級，改酒泉鎮為肅州。624年，唐高祖設置酒泉縣。763年至852年，吐蕃人占據酒泉。唐末至五代時期，酒泉又落入迴鶻人的手中。大宋時期，酒泉歸屬西夏。西夏敗亡以後，蒙古擁有酒泉並改設肅州路。大明設置肅州衛。大清時期，改置為肅州直隸州。
1856年，甘州提督迴迴人索文帶人押解官府的5萬兩餉銀前往迪化（今天的烏魯木齊），走到嘉峪關外的惠迴堡被南山的吐蕃人打劫了。
於是，官府在惠迴堡修建關卡，建立了一座哨所，保障河西通往迴疆的交通安全。官府貼出公告，向周邊的老百姓征召哨兵，由肅州鎮台府發放薪餉。
馬文祿進城的時候看到了公告。他心裏想道，如今山裏的野獸越來越稀少了，獵戶的日子也越來越難過了。不如帶領獵戶們下山當哨兵，每個月還有固定的收入。
他帶領200多個的獵戶走下青頭山，參加了官府的守衛隊，來到惠迴堡駐守哨所。馬文祿被索文任命為一名小軍官。
獵戶們從前自由散漫慣了，不願意接受軍隊紀律的約束，逐漸和官府產生了矛盾，經常發生一些小的衝突，但是，鬧事都被官府鎮壓下去了。
隨著陝甘迴迴起義的蔓延，迴疆也爆發了人民反清的起義。肅州的迴迴人受到了很大的鼓舞。
1865年3月，涼州（今天的威武）的迴迴老百姓不堪忍受鎮守官米殿策的殘酷壓榨，奮起殺死了他和他的親屬。但是，起義隨即被清軍鎮壓了。
涼州迴迴人起義失敗的消息傳開，河西走廊各州縣的迴迴老百姓大為震驚。甘州永固堡洪水營的迴迴人首先起來造反。肅州府的高台、安西、敦煌、玉門等縣的迴迴人也暗自武裝，待機舉兵。
河西地區頓時陷入一片緊張的氣氛中。
這時候，肅州的大部分鎮標官兵都在迴疆平定起義。城裏的守防非常空虛。老百姓準備造反的情緒越來越高。城裏的氣氛日趨緊張。
肅州鎮台成桂認為不能坐待以斃，主張先發製人，以武力恐嚇的手段壓製躍躍欲試的老百姓。知州陳墉則不同意成桂的意見，而是希望采取和議，緩和尖銳的矛盾。
3月，馬文祿帶著惠迴堡哨所的200多個獵戶來到肅州鎮台府，索要前任鎮總兵德祥扣發的工資。
鎮台府推三阻四，沒有妥善地解決好矛盾，引起了獵戶們的強烈不滿。
馬文祿帶領獵戶們向西攻打嘉峪關，殺死了關上巡檢張開禧等人，占領了交通重鎮嘉峪關。
第二天，他們聯係上青頭山上的各路獵戶，分頭向肅州集結，準備發動起義。
成桂獲悉消息以後感覺問題嚴重了，立刻增加了守城的兵力，緊閉城門，在東城的門樓上架設了一門將軍炮。炮口直指迴迴人聚居的東關。
東關的老百姓一再請求州府給予保護。
當天中午，陳墉私自乘坐轎子來到東關視察，趁機打探起義傳言的虛實，被老百姓們熱情地挽留，以好吃好喝的款待。
等到天色變黑以後，東關的起義軍將東、南、北三個哨所門上的鐵鎖砸壞，給潛伏在城外的馬文祿等打開了哨門。
馬文祿悄悄地坐上陳墉的轎子，假裝是陳墉，由起義士兵抬著迴城。
鄰近城門的時候，抬轎的起義軍遠遠地大聲喝道：“快開門！陳大人要迴府了。”
城樓上的士兵不敢怠慢，急忙跑下城樓開門。
厚實沉重的城門剛剛打開，潛藏在東關兩側廊廡下的起義軍一擁而入，叫殺聲像震天的驚雷。四麵的暗哨也放火接應。肅州鎮標軍中的迴迴士兵也忽然倒戈。
道台桓齡聽說東關出事了，急忙率領數十人前去處理。
起義軍卻像潮水一般向城裏湧了過來。
恆齡被迎麵而來的子彈當場打死。他的隨從人員也全部戰死。大部分衣衫不整的清軍在混亂中被起義軍擊潰。
官府的團練又衝了過來與起義軍搏鬥，但是，寡不敵眾，大部分都戰死了。
成桂站在掛著“聲震華夷”巨大木匾的鍾樓上目睹了慘烈的戰鬥，心中驚慌失措。他知道已經無力迴天，隻好放棄了肅州，倉皇地向東逃往甘州。
天亮以後，起義軍占領了肅州全城。
鄉下的地主武裝為了防止起義軍出城襲擾，團結起來組織聯防，多次聯合攻打肅州城，但是都被起義軍擊潰了。
起義軍經常出城攻擊附近的清軍和地方團練，甚至到達了金塔縣城。
甘肅提督楊占鼇和迪化提督成祿經過商議，決定還是招撫肅州的起義軍。
馬文祿借機邀請楊占鼇到肅州城下談判。
楊占鼇剛來到城下就被一擁而上的起義軍挾持到了肅州城。
馬文祿以楊占鼇為人質，威脅成祿率領清軍後退到高台，並要求歸附朝廷。
成祿不得已答應了。
省署督軍穆圖接到成祿的請示，批準了起義軍的歸附，委任馬文祿為掌管肅州的軍事主帥，並且給他改名為馬忠良。
成祿撤退到高台，每天觀戲享樂，勒索高台的民眾，不願出關迴到迴疆，無辜殺害老百姓，還謊稱大獲全勝。
馬文祿接受安撫後暗自充實兵力，擴建軍事陣地，打算繼續與清軍對抗。他多次帶兵進取玉門、安西、敦煌三縣，西出嘉峪關，出擊額濟納，搶劫蒙古土爾扈特財物。
他們最遠深入到科布多城（位於今天蒙古國的西部）。馬文祿在科布多遇到了巴德爾的後代吉日木圖的有力反擊，最後悻悻地退兵。
左宗棠平定了關中和隴東的起義，指揮大軍向西逼進，先派總兵徐占彪率領12營大軍從固原向肅州進發。
徐占彪攻克肅州城西南的塔爾灣堡，連下起義軍12座營壘，進軍到肅州城下。
起義軍死傷慘重。
清軍連日攻城。
馬文祿在戰鬥中受傷，派人出城求和。
徐占彪認為是起義軍的緩兵之計，未允準。
六月初六，6000多起義軍身穿白衣，頭紮白巾，鼓嗓喊叫直撲城外。
清軍憑借洋槍洋炮，擊退了起義軍，奪取了一些營壘。
馬文祿隻好派人向迴疆和西寧府的起義軍求援。
迪化紅廟子起義軍首領妥得璘派千餘人入城助守。西寧方麵也派來陝西起義軍畢大才進援肅州。
馬文祿被妥得璘封為元帥。他先後招納甘州、沙州和西退的起義軍編為六個營。沙州兩營堅守城北。甘州營駐守城東。肅州營駐守東關。西寧營駐守城南。循化撒拉爾營駐城內。
1873年2月，乘勝追擊的左宗棠大量向肅州增兵，使包圍肅州城的清軍達到了60多個營，對肅州的包圍圈已經形成。左宗棠又蘭州拉運來一批新式大炮支援肅州。
在清軍的追殺下，穆和邁跟隨從白彥虎等陝西關中和甘肅金積堡、河州、西寧等地敗退下來的起義軍不斷西撤，從甘州攻破撫夷城(今天甘肅臨澤縣蓼泉鎮)和高台的各屯堡，匯集到了肅州一帶。
白彥虎率軍多次進攻肅州城外官軍，都被清軍截擊，難以入城與馬文祿會合。
白彥虎多次進攻無效，率領殘部向西退出嘉峪關，向迴疆逃亡。
清軍集中兵力在肅州城外挖掘壕溝，修築土牆，架設木柵欄，將肅州城包圍得嚴嚴實實。裏麵的人出不來。外麵的糧食也進不去。
圍困長達8個多月的肅州城裏糧食終於斷絕了。
起義軍隻好宰殺騎兵的軍馬充饑。軍馬吃完了，再吃樹皮和麥糠。他們揪光了肅州城裏大小樹木的葉子，撕完了樹上的嫩皮。即使這樣，起義軍堅決不投降。
左宗棠用地雷炸開東北城角的缺口，在西南及東南城角暗掘地道，用棺材裝滿炸藥埋在城下，又在城南用大炮猛烈轟擊，炸得起義軍血肉橫飛。
起義軍人心大亂。每天從肅州城中潛逃出來投降的迴漢老百姓多達數百人。
左宗棠派遣投降的迴迴首領向城裏的起義軍官兵喊話，勸說他們出來投降，官府優待俘虜，給他們發放糧食和迴家的路費。
馬文祿看到形勢日益惡化，起義的前途黯淡渺茫，思想開始出現了動搖。
11月4日，馬文祿為了保存起義軍將士的性命，毅然決定投降，派人送書信到清軍大營。
左宗棠允準，要求馬文祿先交出武器、馬匹和迴迴人的花名冊。
馬文祿立即整理17000餘件武器和人員花名冊，率領起義將領出城，前往左宗棠的大營投降。
左宗棠下令將馬文祿等9名將領全部捉拿，關入監獄。
他又命令按照花名冊清點起義軍人數。甘州籍1營800餘人出東城門，由宋慶點驗分管理。沙州籍2營700餘人由北營金順點驗分管。西寧獵戶1營500餘人由徐占彪接管。循化撒拉營由劉錦棠監管。
各軍接受的起義軍按男女分別安置在附近空莊廢堡裏暫住，聽候發落。肅州本地的6300多名起義軍士兵留在東關。
肅州城裏原有居民5萬多人，經過9年的戰亂隻剩下了數千人。
陰曆九月二十三日的午後，左宗棠下令將馬文祿等9個部將斬首，其餘的起義軍士兵大多予以遣散。
陝甘起義軍僅存的最後一個基地經過馬文祿長達9年的堅守最終淪陷了。陝甘迴迴人反清的大起義就此拉上了劇終的大幕。
這場戰爭給陝甘兩省的人民造成了巨大的災難和傷害。
戰前，陝西的人口為1394萬，甘肅的人口為1945萬人。在戰亂、災荒和瘟疫的蹂躪下，陝西損失的迴漢人口達622萬人，甘肅(包括今寧夏、青海西寧市和海東市)損失的迴漢人口接近1400萬。清軍在金積堡殺害5萬多人起義將士，在西寧殺害了近1萬人，在肅州殺害了2萬多人……
朝廷對陝甘反清起義軍采取了曆代封建王朝的的舊模式“斬草除根”。1867年10月份，刑部主事王柏心還在激戰猶酣的時候寫信向左宗棠出謀劃策：“我認為要除掉迴迴人中勇敢和狡黠的人。剩下的既然不能全殺光，等到他們畏懼投降以後，派軍隊將他們遷移到西寧、甘南或者延安、榆林的邊外，單獨設立迴迴村，不能與漢人雜居。”
他建議道：“挑選他們中忠誠老實的人組成維持隊自己管理自己，以後不要再出來生事了。這樣就可以保證長治久安了。”
正如王柏心所言，朝廷對參加起義的群眾強製進行發配性的遷徙。朝廷把1萬多陝西起義軍的親屬強行安置在平涼與華亭交界的化平川、聖女川等地，稍後又把3000多甘肅起義軍的家屬押解到附近的荒涼之地。朝廷還分兩次將3萬多關中迴迴人遷移到甘肅的平涼、清水、秦安、安定等偏遠地區，把肅州城裏支持起義軍的迴迴老百姓全部趕出了城市。
被強製遷離家園的老百姓的家資和田產或者充公分配給他人，或者放上一把火燒毀。當老百姓提出返迴原籍的正當要求時，朝廷嚴厲地表態：“概不準逆賊再行入境。”
安置在戰亂中流離失所的老百姓，同樣是到處安插，卻采取了不同的標準：漢人可以在靠近城市和道路等生活方便的地方安家。迴人必須要打散安置，以便達到拆散族群、孤單勢力、沒收權力的久遠之圖。
起義軍的親屬被強行安置在自然條件較差荒僻和偏遠的地區，多半在“貧苦甲天下”的甘肅中部幹旱地區，甚至是幹旱地區中條件最惡劣的山川。這裏氣候幹燥，土地貧瘠，水源匱乏。一貧如洗的迴迴老百姓來到這裏，隻能在山坡上挖個窯洞棲身，苦寒無比。
馬占鼇不僅協助清軍撲滅了西寧和肅州兩地的起義，而且忠實地履行朝廷代理人的職責，一家獨大。馬占鼇和他的後代是除朝廷之外鎮壓起義軍最大的受益者。他和馬海晏、馬千齡等人一同收編為清軍的河州鎮馬隊，擔任了指揮長官，歸屬董福祥的甘軍。去世以後，他的職務由兒子馬安良接任。
馬海晏在平定西北各地的起義中也是屢建戰功，升為副旗。他的兩個兒子馬奇、馬林和孫子馬芳後來先後統治西北，權傾一方。
民國期間的寧夏馬家軍和青海馬家軍的興起，都與馬占鼇和馬海晏有著直接的關係。確切地說，馬占鼇和馬海晏為馬家打開了通向權力的大門。
與此同時，俄國依靠先進的火器和製度上的優越性，控製了哈薩克草原，征服了烏茲別克人建立的浩罕、布哈拉和希瓦3個獨立汗國，最後渡過阿姆河，控製了土庫曼人的家園，與英國私分了塔吉克人和吉爾吉斯人的帕米爾高原，完成了對花剌子模故地390萬平方公裏的征服。
俄國和大清兩大帝國瓜分了中亞和迴疆地區。